サラブレッドの歴史は17世紀に始まります。
当時の欧州各国が軍馬の改良を目的としてアジアから馬を輸入しましたが、特に代々の厳密な管理で純血を保っていたアラブ種の馬が多く輸入されました。 輸入された種牡馬と在来種の牝馬の交配による馬産が盛んに行われ、やがて馬の能力を比較するための手段として競馬が始まります。 こうして優秀な能力を持つ馬の血を後世に伝えていくシステムが作り上げられ、サラブレッドという種が誕生しました。 特にイギリスでは強い競走馬を所有する事が貴族のステータスの一つとなるくらいに競馬が盛んになり、サラブレッドの進化も急速に進みました。 多くの馬が輸入された中でサラブレッドの成立に大きな影響を与えた種牡馬は5頭で、牝馬は100頭程度といわれています。
イギリス以外でも馬産は盛んに行われていましたが、軍馬の品種改良といった側面が強く閉鎖的であり、徐々に後発のイギリスの馬産に追い抜かれていく結果となりました。
現在のサラブレッドの直系父系をさかのぼると3頭の種牡馬にたどり着きます。 この3頭を三大始祖と呼び、ダーレーアラビアン(DARLEY ARABIAN)、バイアリーターク(BYERLEY TURK)、ゴドルフィンアラビアン(GODOLPHIN ARABIAN)の3頭で、それぞれが伝説的な逸話を持っていますが、まともに種牡馬として活躍していたのはダーレーアラビアンだけだったようです。 この3頭の血統は18世紀の中ごろに根幹種牡馬と呼ばれる3頭の種牡馬を出し、繁栄を決定付けました。
三大始祖の血統に最後まで抵抗を続けたのが芦毛のオルコックアラビアン(ALCOCK ARABIAN)とダーシーズホワイトターク(DARCY'S WHITE TURK)です。 この2頭を含めて五大始祖と呼ばれることもあります。 この2頭の血統は根幹種牡馬との勢力争いで衰退し、19世紀に入り、直系父系としては断絶しました。 しかし、現代の芦毛はこの2頭の遺伝子に由来するものであり、確実に影響を与えています。 特にオルコックアラビアンはその仔クラブ(CRAB)がリーディングサイアーにもなり、直系からでは、三大始祖以外から唯一となるダービー馬エイムウェル(AIMWELL)を出しました。

18世紀中ごろに現れ､その後のサラブレッドの歴史を決定付けた3頭の種牡馬です。 初期のサラブレッドは強い近親交配によって優れた能力を遺伝子レベルで固定されていきます。 そうした中で急激な淘汰が起こり、三大始祖の繁栄とそれ以外の血統の衰退が顕著になります。 まず根幹種牡馬としてゴドルフィンアラビアンの孫にあたるマッチェム(MATCHEM)が現れます。 続いてバイアリータークの血統から出たヘロド(HEROD)、ダーレーアラビアンの血統を受け継いだエクリプス(ECLIPSE)の3頭が順に現われました。
特にこの時代のヘロドとその仔ハイフライヤー(HIGHFLYER)の勢いは素晴らしいものがありましたが、それは同時に血の飽和を招き、最終的に主流血統となったのはエクリプスの血統ででした。 マッチェムの血を受けた能力に優れる繁殖牝馬をヘロドが利用して更にレベルの上がった繁殖牝馬を交配相手に出来たエクリプスが最終的な勝者となったわけです。
三大始祖以外ではオルコックアラビアンの産駒であるクラブ(CRAB)も種牡馬として活躍していましたが、ヘロド、ハイフライヤーの前に敗北し衰退してしまいました。 オルコックアラビアンの血統はダービー馬エイムウェルを出しましたが、19世紀の半ばに途絶してしまいました。 またダーシーズホワイトタークの血統はアメリカに渡ったラインが18世紀末期まで残りました。 その他の血統は18世紀に入るとすぐに途絶してしまっているので、更に一世紀父系を存続させたこの2頭も種牡馬にさえ恵まれていれば現代まで続く事が出来たのではないでしょうか。

マッチェムの血統は19世紀半ばに初代三冠馬ウエストオーストラリアン(WEST AUSTRALIAN)を輩出し、イギリスのハリーオン(HURRY ON)とアメリカのマンノウォー(MAN O'WAR)の系統に分かれました。 この系統は大きく繁栄する事はなく常に異系血統として細々とではありながら、確実に血をつなげています。 マンノウォーの血はアメリカで一時繁栄しましたが、母系に入った方が良かったため直系としては衰退していきました。 ウォーアドミラル(WAR ADMIRAL)はアメリカ血統の母系に頻出する種牡馬ですが、後継種牡馬には恵まれませんでした。後にインリアリティ(IN REALITY)がこのマンノウォーの血を再興し、ノウンファクト(KNOWN FACT)が現われ、日本に輸入されたウォーニング(WARNING)などを輩出しました。 ハリーオンからは凱旋門賞でニジンスキー(NIJINSKY)の欧州三冠の野望を打ち砕いたササフラ(SASSAFRAS)が出ました。ササフラのラインは南米に渡り、サンドピット(SANDPIT)を出しました。 この血統は母系に入ってよい血統で、数々の名種牡馬の母父にこの血統の馬が入っています。

ハイフライヤーの血統は20世紀に入って途絶しており、今にいたるバイアリーターク-ヘロドの血はウッドペッカー(WOODPECKER)から伝えられています。 この血統はウッドペッカーの孫の世代で2系統に分かれ20世紀初頭にヘロド系復興を賭けてフランスからイギリスに渡ったロイヘロド(ROI HERODE)からザテトラーク(THE TETRACH)が現われます。 ザテトラークは芦毛中興の祖ともいわれる快速馬で日本でも幻の馬とまで称されたトキノミノルを輩出する父系でしたが、直系としては途絶してしまいます。 しかしザテトラークの血はマムターズマハル(MAMUTAZ MAHAL)の牝系からナスルーラ(NASRULLAH)やロイヤルチャージャー(ROYAL CHARGER)を経由して現代に受け継がれました。 また芦毛中興の祖と称される通り現代のほとんどの芦毛馬の系統をたどるとザテトラークにたどり着きます。
ヘロド系を復興したのはフランスのトウルビヨン(TOURBILLON)でした。現在ではマイバブー(MY BABU)とクラリオン(CLARION)の系統に分かれており、マイバブーの血は日本に輸入されたパーソロン(PARTHOLON)からメジロアサマ-メジロティターン-メジロマックイーン、シンボリルドルフ-トウカイテイオーの2系統に受け継がれています。 マイバブーはオーストラリアのベターボーイ(BETTER BOY)からも血が受け継がれています。 クラリオンからはクレイロン(KLAIRON)-リュティエ(LUTHIER)と受け継がれて現在も勢力を保っています。 リュティエの血は日本に輸入されたダンディルート(DANDY LUTE)からビゼンニシキ-ダイタクヘリオス-ダイタクヤマトへと受け継がれています。欧州に残ったのはローレンザッチョ(LOREN ZACCIO)の血で、インディアンリッジ(INDIAN RIDGE)などが種牡馬として活躍しています。

現在のサラブレッドの直系父系のうち90%を越える勢力となったのがエクリプスの血統です。 エクリプスの本流はその仔ポテイトウズ(POT 8O's)からワクシー(WAXY)-ホエールボーン(WHALEBONE)と受け継がれホエールボーンの産駒の時代にヘロド系に代わって主流の地位を固める事になります。 また傍流を形成したエクリプス産駒にはキングファーガス(KING FERGUS)がおり、後にセントサイモン(St. SIMON)を出します。
ホエールボーンの血はサーハーキュリーズ(SIR HERCULES)とキャメル(CAMEL)の二つの系統に分かれます。 やがてサーハーキュリーズの産駒バードキャッチャー(BIRDCATCHER)で更にストックウェル(STOCKWELL)を出したザバロン(THE BARON)とオックスフォード(OXFORD)に分かれます。 オックスフォードの系統は後にブランドフォード(BLANDFORD)を出して現代につながります。 ストックウェルからはベンドア(BEND OR)が出て、ベンドアからファラリス(PHALARIS)、テディ(TEDDY)、ザボス(THE BOSS)といった系統に分かれます。 ファラリスの血統は、ネアルコ(NEARCO)からノーザンダンサー（NORTHERN DANCER)、ナスルーラ(NASRULLAH)、ロイヤルチャージャー(ROYAL CHARGER)に、シックル(SICKLE)からネイティヴダンサー(NATIVE DANCER)を経由してミスタープロスペクター(Mr.PROSPECTOR)に受け継がれ現代の主流を形成しています。 キャメルからはタッチストーン(TOUCHSTONE)が現われます。 タッチストーンの系統は後にハンプトン(HAMPTON)、ヒムヤー(HIMYAR)を通じて現代に残ります。